退職して国保に加入したが、最終月の社会保険料と加入月の国保税が重複しているのでは?

基本的には、重複することはありません。

【事例1】
   5月10日に退職し、5月11日から国保に加入する場合は、健康保険(会社の保険)は4月分までを納付します。また、国保税は5月分から納付します。従って、健康保険料は重複しません。

【事例2】
   国保に加入していた人が、5月10日に社会保険に加入した場合、5月分の保険料は社会保険からの請求となりますので、国保税は4月分までを納付いただきます(国保をやめる届が必要)
   また、国保の加入者が、5月10日に転出し他市町村国保に加入した場合は、5月分からは転出先市町村で納付します。旧市町村へは前月分までの納付となります。従って、この場合も原則として重複しません。月末の転出・転入は市町村間で重複調整します。

【参考】健康保険料は、その人が月末に加入している保険者へ納付することになっています。

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